陳永正去職后，其主導的“微軟創新中心”逐步壓縮，直至裁撤。同時，微軟開始有步驟地退出投資的軟件公司。比如浪潮國際，2011年微軟向獨立第三方出售浪潮國際約4.16億股普通股。經過兩次減持，微軟總投票權比例由15.51%降至6.59%。
微軟與中國業界的關系在陳永正去職之后開始逐漸變差。
另一個原因加速了這種惡化，即是軟件源代碼開放問題上的爭執：微軟一直被質疑在軟件產品上留有后門，微軟美國可以讀取客戶的數據，包括政府、企業、個人用戶的數據。如果這確是事實，這對于政府，企業來說，將存在嚴重的安全隱患問題。
早在2003年2月，微軟董事長比爾·蓋茨第八次訪華，最大成果就是面向政府及其指定的備案單位開放源代碼，這些機構可以用可控的方式查看微軟Windows的源代碼，從而增強安全性的信心。
但這一措施并沒有完全杜絕擔憂。一位軟件公司高管對21世紀經濟報道表示：即使開放了也是個黑匣子，因為代碼數千萬行，根本無從看起，沒有機構有那么多人力、物力來查看源代碼。